Алафузов В. А., контр-адмирал – 22.06.1941– 17.03.1943;
Богденко Валентин Лукич, контр-адмирал – 17.03.1943– 05.08.1944;
Зозуля Федор Владимирович, контр-адмирал – 05.08. – 12.09.1944;
Кучеров С. Г., вице-адмирал – 12.09.1944 – 27.04.1945;
Харламов Николай Михайлович, вице-адмирал – 27.04– 3.09.1945.
Начальник организационно-мобилизационного управления:
Бабин Пантелеймон Иванович, генерал-майор береговой службы – 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники разведывательного управления:
Зуйков Николай Иванович, контр-адмирал – 22.06. – 11.09.1941.
Воронцов Михаил Александрович, контр-адмирал – 11.09.1941—10.04.1945 (по не уточненным сведениям – потомок князя и графа Воронцова);
Филипповский Александр Александрович, капитан 1-го ранга—10.04. – 09.05.1945 и 09.08.—03.09.1945;
Румянцев Александр Михайлович, капитан 1-го ранга – 09.05–09.08. 1945 (по не уточненным сведениям – потомок графа и генерал-фельдмаршала Русской армии П. Румянцова).
Начальник управления военных сообщений:
Кечетжи Николай Константинович, генерал-майор береговой службы – 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники отдела внешних коммуникаций:
Сендик Иосиф Моисеевич, капитан 1-го ранга – 06.10.1941—13.12.1944;
Сергеев Николай Дмитриевич, капитан 1-го ранга – 13.12.1944—30.08.1945.
Начальники исторического отдела:
Круглов Владимир Ильич, генерал-майор береговой службы – 22.06–16.08.1941 и 05.09.1944—03.09.1945 (креатура Л. П. Берия; исполнитель воли советских историков, создавших капитальные труды по теме: история Русского государства и становления советской державы, – в которых обвинили царизм в жестокой эксплуатации народов, а также заодно и в разрушении Русского флота, в результате чего он проиграл Крымскую войну и войну с Японией… В сложившейся сложной обстановке в июле-сентябре 1941 г. многим деятелям «новой исторической науки» стало не по себе в Ленинграде и Москве, и они, зная, как гестапо поступает с евреями, покинули обе бывшие русские столицы для дальнейшей «творческой деятельности» в столице советского Узбекистана Ташкенте. Подал рапорт с занимаемой должности и начальник исторического отдела Круглов В. И. Именно в то время нарком ВМФ принял решение поставить на должность руководителя исторической службы капитана 2-го ранга Ивана Николаевича Быкова, но не суждено было этому офицеру стать ведущим историком флота… После того, как утрясутся события на фронтах и в столице, «выдающиеся» советские деятели науки, в том числе и Владимир Ильич Круглов, вновь возвратятся на свои «исторические» должности.);
Быков Иван Николаевич, капитан 2-го ранга – 16.08–30.10.1941;
Бологов Николай Александрович, контр-адмирал – 30.10.1941—20.07.1943;
Долинин Михаил Михайлович, контр-адмирал – 20.07.1943—05.09.1944.
Начальники управлений боевой подготовки:
Харламов Н. М., вице-адмирал – 22.06. – 20.07.1941 и 20.11.1944—27.04.1945;
Кузнецов Константин Матвеевич, капитан 1-го ранга – 25.07–03.09.1941;
Ставицкий Сергей Петрович, вице-адмирал – 03–25.09.1941 и 17.03.1942—20.11.1944;
Коренев Константин Юлианович, контр-адмирал – 25.09.1941 – 17.03.1942;
Грен Иван Иванович, вице-адмирал – 27.04–03.09.1945.
Начальник управления связи:
Гаврилов Виктор Михайлович, инженер – вице-адмирал – 22.06.1941 – 03.09.1945 (эту кандидатуру нарком лично утвердил у Сталина, и вопросов у Генсека не возникло);
Начальник управления кораблестроения:
Исаченков Николай Васильевич, инженер-вице-адмирал – 22.06.1941 – 03.09.1945.
Начальники артиллерийского управления:
Акулин Михаил Иванович, контр-адмирал – 22.06.1941 – 03.1942;
Егоров Владимир Александрович, контр-адмирал – 03.1942—03.09.1945.
Начальник минно-торпедного управления:
Шибаев Николай Иванович, контр-адмирал – 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники технического управления:
Орлов Александр Григорьевич, инженер-вице-адмирал – 22.06.1941—28.04.1945;
Савин Александр Николаевич, инженер-контр-адмирал – 22.04–03.09.1945.
Начальники химического управления (креатуры Л. П. Берия):
Смирнов Сергей Павлович, капитан 1-го ранга – 22.06.1941—09.1942;
Романов Борис Иванович, контр-адмирал – 09.1942 – 03.09.1945.
Начальник управления радиолокаций:
Архипов Сергей Николаевич, инженер-контр-адмирал – 16.07.1943 – 03.09.1945 (эта кандидатура была выдвинута наркомом, пожалуй, лучше других в советском руководстве понимавшим необходимость радиолокационного обеспечения ВМФ страны. Николай Герасимович на этом настаивал еще только вступив в должность наркома ВМФ, а затем позже, 27 мая 1941 года – в день гибели германского линкора «Бисмарк». Известно, что проект этого корабля был очень удачен, имел надежную схему бронирования, сверхмощное по тому времени вооружение, а компоновка корпуса давала линкору феноменальную живучесть, что обеспечило ему успешное уничтожение гордости британского флота линкора «Худ». Но спустя несколько часов «Бисмарк» был обнаружен благодаря имевшимся на вооружении в королевском флоте средствам радиолокации, которые, высчитав местонахождение германского рейдера, направили против него авианосец с авиацией и атаковали его. Моряки кригсмарине, чтобы не уронить чести немецких моряков, открыли кингстоны корабля, и он ушел ко дну, не сдавшись врагу. Архипов С. Н. был одним из самых высокопрофессиональных специалистов и заложил основы РЭБ – радиоэлектронной борьбы ВМФ).
Начальники научно-технического комитета:
Жуков Анатолий Алексеевич, инженер-контр-адмирал – 22.06.1941—24.01.1943;
Якимов Александр Авдеевич, инженер-контр-адмирал – 04.1943—07.05.1944;
Алексеев Николай Васильевич, инженер-контр-адмирал – 05.1944—09.05.1945.
Начальник гидрографического управления: