Исаков И. С., адмирал – 22.06.1941–03.07.1942
Алафузов Владимир Антонович, адмирал – 03.07.1942–16.03.1943 и 22.07.1944–13.04.1945 (креатура Л. П. Берия);
Степанов Георгий Андреевич, вице-адмирал – 16.03.1943–21.07.1944 (креатура Л. П. Берия);
Кучеров Степан Григорьевич, адмирал – 27.04–03.09.1945
Начальники оперативного управления:
Алафузов В. А., контр-адмирал – 22.06.1941–17.03.1943
Богденко Валентин Лукич, контр-адмирал – 17.03.1943–05.08.1944
Зозуля Федор Владимирович, контр-адмирал – 05.08. – 12.09.1944
Кучеров С. Г., вице-адмирал – 12.09.1944–27.04.1945
Харламов Николай Михайлович, вице-адмирал – 27.04. – 03.09.1945
Начальник организационно-мобилизационного управления:
Бабин Пантелеймон Иванович, генерал-майор береговой службы – 22.06.1941–03.09.1945
Начальники разведывательного управления:
Зуйков Николай Иванович, контр-адмирал – 22.06–11.09.1941
Воронцов Михаил Александрович, контр-адмирал – 11.09.1941–10.04.1945 (по не уточненным сведениям – потомок князя и графа Воронцова);
Филипповский Александр Александрович, капитан 1-го ранга – 10.04. – 09.05.1945 и 09.08. – 03.09.1945
Румянцев Александр Михайлович, капитан 1-го ранга – 09.05. – 09.08. 1945 (по не уточненным сведениям – потомок графа и генерал-фельдмаршала Русской армии П. Румянцова);
Начальник управления военных сообщений:
Кечетжи Николай Константинович, генерал-майор береговой службы – 22.06.1941–03.09.1945
Начальники отдела внешних коммуникаций:
Сендик Иосиф Моисеевич, капитан 1-го ранга – 06.10.1941–13.12.1944
Сергеев Николай Дмитриевич, капитан 1-го ранга – 13.12.1944–30.08.1945
Начальники исторического отдела:
Круглов Владимир Ильич, генерал-майор береговой службы – 22.06. – 16.08.1941 и 05.09.1944–03.09.1945 (креатура Л. П. Берия; исполнитель воли советских историков, создавших капитальные труды по теме: история русского государства и становлении советской державы, – в которых обвинили царизм в жестокой эксплуатации народов, а также заодно и в разрушении Русского флота, в результате чего проиграна Крымская война и война с Японией… Их имена – Бернадский, Гегелло, Каганович, Келдыш, Луппов, Мавродин, Пилявский, Предтеченский, Сербина, Трояновский, Заозерский, Кан, Маньков, Нечкина, Нифонтов, Рожкова, Станиславская, Фейгина, Шаскольский, Бондаревский, Крузе, Садиков, Савельева, Левин и др. и др. В сложившейся сложной обстановке в июле – сентябре 1941 г. многим деятелям «новой исторической науки» стало не по себе в Ленинграде и Москве, и они, зная, как немцы поступают с евреями, покинули обе бывшие русские столицы для дальнейшей «творческой деятельности» в столице советского Узбекистана Ташкенте. Подал рапорт с занимаемой должности и начальник исторического отдела Круглов В. И. Именно в то время нарком ВМФ принял решение поставить на должность руководителя исторической службы капитана 2-го ранга Ивана Николаевича Быкова, но не суждено было офицеру стать ведущим историком флота… После того, как утрясутся события на фронтах и в столице, «выдающиеся» советские деятели науки, в том числе и Владимир Ильич Круглов, вновь возвратятся на свои «исторические» должности. Это с подачи этих и подобных им «академиков» Владимир Ильич дозволил вписать в анналы советской истории Русского флота героических флотоводцев Ушакова, Лазарева и Нахимова, как патриотов и… истинных сторонников «коммунистической идеологии и советской государственности на территории бывшей Российской Империи», что даже сталинский режим, снизойдя, учредил «высшие флотоводческие» ордена с их именами. Тогда как забвению были преданы практически все русские адмиралы, имевшие среди далеких предков датчан, шотландцев, немцев и «разных прочих шведов»; а позже уничтожили их из памяти народной и из Истории русской, стирая из книг Устрялова, Платонова, других ученых Русской Империи);
Быков Иван Николаевич, капитан 2-го ранга – 16.08. – 30.10.1941
Бологов Николай Александрович, контр-адмирал – 30.10.1941–20.07.1943
Долинин Михаил Михайлович, контр-адмирал – 20.07.1943–05.09.1944
Начальники управлений боевой подготовки:
Харламов Н. М., вице-адмирал – 22.06. – 20.07.1941 и 20.11.1944–27.04.1945
Кузнецов Константин Матвеевич, капитан 1-го ранга – 25.07. – 03.09.1941
Ставицкий Сергей Петрович, вице-адмирал – 03. – 25.09.1941 и 17.03.1942–20.11.1944
Коренев Константин Юлианович, контр-адмирал – 25.09.1941–17.03.1942
Грен Иван Иванович, вице-адмирал – 27.04. – 03.09.1945
Начальник управления связи:
Гаврилов Виктор Михайлович, инженер – вице-адмирал – 22.06.1941–03.09.1945 (эту кандидатуру нарком лично утвердил у Сталина, и вопросов у Генсека не возникло);