Софи и Туманов становятся любовниками. Их связь сладка, запретна и мучительна для обоих. Софи не желает жить на съемной квартире содержанкой Туманова и, в конце концов, порывает с Михаилом. С подачи Элен она возвращается к светской жизни. В процессе ее Софи знакомится почти со всеми участниками давней истории с сапфиром. Ефим Шталь ухаживает за ней. Она могла бы узнать в нем похитителя в черной маске и «рыцаря в сверкающих доспехах», который под маской, на благотворительном балу подарил ей выкупленное им рубиновое ожерелье, но гонит узнавание прочь, желая без помех наслаждаться жизнью.
Дуня Водовозова тоже давняя подруга Софи. Она – двоюродная внучка того самого учителя математики, который когда-то ссудил Софи деньги для поездки в Сибирь. Поликарп Николаевич умер до возвращения Софи и долг она отдавала уже его наследнице. В жизни Дуни Софи выступила в роли Пигмалиона. Она пробудила в ней волю к жизни, заставила ее выучиться на курсах, вводит в различные кружки, поощряет занятия математикой (Дуня обладает выраженными способностями в этой области), планирует ее замужество по договору с одним из «передовых» молодых мужчин и отъезд за границу для обучения математике в Университете в Германии. Все это Дуня невозмутимо и с благодарностью принимает.
Знакомство Дуни с Михаилом Тумановым многое изменило. Она влюбилась в Михаила. Но Михаил все еще любит Софи, и Дуня знает об этом. Поэтому из интересов любимого она уговаривает Софи вернуться, мотивируя это фактами о том, что без Софи Михаил попросту утерял желание жить и ищет смерти. Софи смеется Дуне в лицо, однако, что-то все же толкает ее на поиски. Она встречает Михаила ночью, в артели рубщиков невского льда, и все еще живое чувство опять бросает их в объятия друг друга.
Гриша и Груша тоже любят друга. После окончательной близости (Грушенька успешно притворяется девственницей-недотрогой) Гриша делает девушке предложение. Софи и ее младшая сестра Ирен боятся сказать ему правду, опасаясь самоубийства с его стороны или иных безумных ходов.
Грушеньке, с ее стороны, угрожает разоблачением Лизавета, умная и корыстолюбивая девушка, которая за деньги работает на всех подряд, но любит Ефима Шталь и является его давней любовницей. В аффекте Грушенька убивает Лизавету. В убийстве по совокупности косвенных улик обвиняют Туманова.
Тем временем сочетание интриг, направленных против Туманова, развивается своим ходом.
Кульминацией их становится пожар в игорном доме, во время которого практически все действующие лица романа сходятся на одной площадке.
Во время пожара, спасая девушку-горничную, гибнет Иосиф Нелетяга. Баронесса Шталь сообщает Туманову, что он – ее средний сын, и она готова признать его и всячески искупить свою давнюю вину перед ним. «Подите прочь!» – говорит ей Туманов. Источником всех прочих неприятностей Туманова оказывается Ефим Шталь, не желающий делить с братом-ублюдком деньги и внимание матери. Впрочем, оборванцев с ножом, послуживших поводом для знакомства Софи и Туманова, нанял не он. Их наняла графиня К., взбешенная тем, что Туманов ее бросил.
Последней каверзой Ефима является то, что Софи провела ночь пожара в его апартаментах. «Нам было хорошо вместе, мы во всех отношениях подходим друг другу!» – высокомерно заявляет он своему брату-плебею, когда-то в буквальном смысле выброшенному на помойку. Раздавленный гибелью Иосифа и прочими переживаниями Туманов не желает выслушать объяснения Софи. Оскорбленная тем, что ей не верят, Софи уходит от него к своим друзьям-аристократам, тоже прибывшим на пожарище.
После всего случившегося Туманов покидает Петербург и вообще Россию, и вскоре гибнет, примкнув к одному из народно-освободительных восстаний на Кавказе. Софи узнает об этом от Саджун, которая проводила специальное расследование по этому поводу. В это же время Софи понимает, что ждет ребенка от Михаила. Ефим Шталь хочет завладеть вниманием Софи, но терпит сокрушительную неудачу. Чуть позже Петр Николаевич Безбородко вновь, невзирая на все обстоятельства, делает ей предложение и сообщает, что согласен признать будущего ребенка. Софи соглашается на брак.
Гриша женится на Грушеньке – бывшей проститутке и убийце.
Дуня Водовозова уезжает за границу вместе со студентом-естественником Семеном. Ее не покидает надежда отыскать Туманова.
Спустя пару лет после событий в Петербурге внимание автора и читателя вновь возвращается в Егорьевск.
На золотые прииски, принадлежащие Гордеевым-Опалинским, приезжает из Петербурга инженер Андрей Измайлов, бывший народоволец, разочаровавшийся в революционных идеалах и мечтающий о «тихой гавани».
Между тем, ни о какой «тишине» в приишимской тайге не может быть и речи. В округе вот уже несколько лет действует банда жестокого и непредсказуемого Черного Атамана – Сергея Алексеевича Дубравина. Ходят слухи о его психической болезни. Так оно и есть: Митя Опалинский, безусловно, психически нездоров. Взяв себе имя Дубравина, который отнял имя, должность и невесту у него самого, он борется со своей болезнью и мстит за свою искалеченную жизнь всем подряд, не решаясь при этом уничтожить своего врага, так как все еще влюблен в Машеньку и не хочет причинять ей горя. Его любовница, остячка Варвара, пользуясь образцом из золотого медальона, написала портрет Машеньки, который Митя хранит на своей заветной заимке.
Серж Дубравин живет в постоянном страхе перед разоблачением и напряжении, которое уже почти раздавило его. Петя пьет и радуется жизни с Элайджей – юродивой еврейкой, на которой он женился по любви после смерти отца. У них трое диких и абсолютно неразвитых детей, которые сами себя называют Лисенком, Волчонком и Зайчонком. Все дела «империи» Гордеева фактически свалились на Машенькины плечи. Сначала ей еще помогал друг отца остяк Алеша (отец Варвары), но после они разошлись во взглядах и расстались. Алеша сошелся с Верой, бывшей горничной Софи. Сначала они вместе делали дела, а потом и жить стали вместе. У Веры двое детей – Матвей и Соня. Оба ребенка – не родные ей по крови. Соню Вера усыновила в память погибшего инженера Печиноги (в некотором смысле он способствовал ее появлению на свет), а что касается Матвея, то его «подарила» Вере Софи Домогатская. Собственный ребенок Веры и инженера Печиноги умер при родах. Пользуясь тем, что Вера после тяжелых родов была без сознания, Софи подменила умершего младенца вполне живым и здоровым первенцем юродивой Элайджи. Тайну происхождения Матвея-младшего знают только Софи и приисковый фельдшер, принимавший роды у обеих женщин.
У Машеньки и Сержа один ребенок – Шурочка, слабый и болезненный.
Надя Златовратская вышла замуж за ссыльного народовольца Ипполита Коронина. Она продолжает заниматься народной и прочей медициной, закончила акушерские курсы. Ее муж фактически возглавляет некую подпольную организацию ссыльных революционеров, занимающуюся издательской и прочей деятельностью, а также устраивающую побеги политических заключенных из сибирских тюрем и с каторги. Аглая служит в училище. Она сошлась с трактирщиком Ильей, но уже несколько лет скрывает эту связь. Любочка тайком от всех переписывается с Николашей Полушкиным.
Пески на приисках истощились и вот-вот нужно принимать какое-то, касающееся их решение. Но кто будет его принимать? Рабочие волнуются, тоже гадая о будущем, в их среде циркулируют всякие слухи, еще более усиливающиеся от провокаций с разных сторон.
Полицейская, жандармская и военная (казаки) власти уезда, по прямому указанию сверху, планируют совместную, не лишенную изящества операцию. В результате ее будет уничтожена банда Черного Атамана, нелегальная сеть явок и доверенных лиц, наброшенная ссыльными революционерами едва ли не на всю Западную Сибирь, а также будут показательно выявлены и изолированы политически распропагандированные и склонные к бунту элементы на приисках. Интерес хозяев приисков: под шумок операции выработанные прииски будут закрыты без всяких волнений и материальных претензий со стороны рабочих. Им будет попросту не до того. Для успешного осуществления операции в банду и в среду политических по полицейскому и жандармскому обыкновению внедряются агенты и провокаторы.
Во всех затруднительных случаях своей жизни многие жители Егорьевска пишут письма в Петербург, Софи Домогатской. Она не отвечает никому, кроме простодушной попадьи Фани Боголюбской, которая запуталась в своей запретной любви к местному уряднику Карпу Платоновичу Загоруеву.
Вот в такую-то «тихую гавань» и приезжает инженер Измайлов. И сразу же попадает как кур в ощип.
Разбойники Дубравина зачем-то отбивают арестованных во время волнений рабочих, убивая при этом сопровождающих их казаков. Следующий вместе с конвоем Измайлов тяжело ранен, но ему удается сбить преследователей со следа и уползти в тайгу. Там его находит собирающая травы и корешки Надя Златовратская. Используя свои медицинские навыки, она выхаживает раненного в зимовье. Между выздоравливающим Измайловым и Надей возникает любовная связь, причем с самого начала проговорено, что Коронина Надя никогда не оставит.
После прибытия Измайлова в Егорьевск, местные ссыльные Коронин, Давыдов и Веревкин пытаются привлечь его к революционной деятельности, а потом, наоборот, считают провокатором. Провокатор должен быть, это известно доподлинно, но кто же он? Измайлов, вроде бы, больше всех подходит на эту роль.
Машенька Гордеева-Опалинская пытается найти в Измайлове друга и соратника. Серж Дубравин по понятным причинам сторонится нового инженера. Черный Атаман вступает с ним в переписку, возвращает документы и советует вернуться в Россию, от греха подальше.
Измайлов тяготится всем этим, включая связь с Надей, но не знает, что предпринять. Он избегает егорьевское общество, дружит с рабочими, Васей Полушкиным, Иваном Притыковым, и «дикими» детьми Пети и Элайджи, причем единственный принимает их всерьез, и в каком-то смысле инициирует их умственное и эмоциональное развитие.
Тем временем настоящий отец Сони, пьяница и бездельник, тайком от Веры шантажирует девочку, требуя у нее вещи и деньги и угрожая отдать разбойникам брата Матвея. Соня открывается брату. Матвей обещает все уладить и попутно знакомится с Волчонком, Лисенком и Зайчонком. Дети организуют некую совместную игру-приключение, целью которой является слежка за разбойниками и выяснение их привычек (Нужны ли им маленькие мальчики, или Сонин отец все врет?).
Приблизительно в это время в Егорьевск приезжает Гликерия Ильинична, мать настоящего Дмитрия Опалинского (все эти годы Серж от имени Опалинского посылал ей деньги, но, по понятным причинам, не прислал ни одного письма). Узнав в дороге о том, что сын жив-здоров, она с нетерпением ждет встречи с ним. Увидев же вместо сына Сержа Дубравина, кричит: «Куда вы его подевали?!» – и теряет сознание.
Вера, узнав всю эту историю от Сони (которой, в свою очередь, рассказал ее очевидец-Волчонок), проникается сочувствием к несчастной старушке и сообщает дочери, что на самом деле сын старой женщины жив, и он – никто иной, как Черный Атаман. Сильный в логике Матвей-младший более-менее правильно просчитывает ситуацию, и дети принимают решение: они тайком уводят старушку из трактира и переправляют ее на заимку к Черному Атаману. Там и происходит встреча матери и сына.
Накануне начала описанных выше событий с каторги бежит Никанор, бывший камердинер Сержа Дубравина, который все эти годы любит Веру и хранит в душе ее образ. Никанор присоединяется к банде Черного Атамана, встречается с Верой и убеждает ее в том, что он не убивал инженера Печиногу. В обмен на неделю ее любви Никанор предлагает Вере и Алеше место и план разработки новых золотых приисков, разведанных в тайге талантливым на золото старателем Коськой-Хорьком. Интерес к делу Черного Атамана в процентах от выручки и применении его собственных инженерных навыков. Вера, подумав, соглашается на сделку.
Открыв новый прииск «Счастливый Хорек», Вера переманивает туда самых активных и непьющих рабочих, которые уходят в тайгу, разрывая контракт с Опалинскими-Гордеевыми. Пытается Вера переманить к себе и Измайлова, но он отказывается. Маша должна либо подавать в суд на рабочих, либо смириться с Вериным и Алешиным мародерством.
Тем временем полицейско-жандармская операция подходит к своему завершающему этапу. Гавриил Давыдов (который и является настоящим провокатором) сдает полиции егорьевских революционеров и ловко подставляет Измайлова, в результате чего ни у кого не остается и тени сомнения в том, что предатель именно он. Арестованный, в кандалах Коронин плюет Измайлову в лицо.
Измайлов решает покончить жизнь самоубийством. Элайджа и ее дети не дают ему довести дело до конца и совместными усилиями вынимают инженера из петли. Против воли оставшийся в живых, Измайлов решает наконец выяснить, что же происходит вокруг него, и разобраться в егорьевских тайнах. С помощью Волчонка он попадает на заимку к Черному Атаману и слышит от него всю историю со сменой имен и т. д. В завязавшемся разговоре Измайлов случайно выдает атаману полицейского агента в банде. Им оказывается Липат Щукин, отец Сони. Через два дня его находят убитым на тракте.
Остяк Алеша встречается с Черным Атаманом по делам прииска «Счастливый Хорек», и одновременно выдает разбойников полиции, желая таким образом оберечь Веру и получить прииск и Коську в свое полное распоряжение.
Отряд казаков уничтожает банду Черного Атамана. Никанора и Митю Опалинского убивают. Одновременно на прииске начинаются запланированные и спровоцированные полицией волнения. Но Измайлов своей волей и своим опытом революционного трибуна предотвращает бунт.
Дети Элайджи выслеживают и, мстя за Измайлова, убивают полицейского провокатора Гавриила Давыдова.
Измайлов, потрясенный, как бы не сломленный свалившимися на него испытаниями, уезжает в обратно в Петербург. Туда же бежит Варвара, унося с собой дневник Измайлова, «красную тетрадь». В столицу стремится и Любочка Златовратская.
Разоблаченную Фаню отправляют в монастырь.
В финале Софи Домогатская пишет новый роман – «Красная тетрадь инженера Измайлова».
СПИСОК ДЕЙСТВУЮЩИХ НЫНЕ И ДЕЙСТВОВАВШИХ РАНЕЕ ГЕРОЕВ.
Петербург
Домогатские:
Павел Петрович (застрелился в 1882 году, 43 лет отроду)
Наталия Андреевна, мать семейства (52 года)
Их дети – Софья Павловна (32 года)
Григорий Павлович (31 год)
Анна Павловна (Аннет) (29 лет)
Ирина Павловна (Ирен) (24 года)
Сергей Павлович (22 года)
Алексей Павлович (20 лет)