7-е Управление (с 10.9.1949 г.)
9-е Управление (с 16.11.1950 г. по обслуживанию спецпоселенцев)
Хозяйственное управление
Административно-хозяйственное управление (с 14.2.1952 г. на базе Управления делами и ХОЗУ)
Управление кадров
Управление учебных заведений (с 7.6.1952 г.)
Управление Войск Правительственной Связи (передано из МВД 26.8.1947 г.)
Военно-строительное управление (передано из МВД 17.10.1949 г.)
Следственная часть по особо важным делам
Отдел «А» (учетно-архивный)
Отдел «Б» (применение оперативной техники)
Отдел «В» (перлюстрации корреспонденции)
Отдел «Д» (изготовление и экспертиза документов)
Отдел«ДР»(диверсионно-разведывательный,9.9.1950 г. на базе Отдела были созданы Бюро №1 (спецоперации за рубежом) и Бюро №2 (спецоперации внутри страны))
Отдел «К»
Отдел оперативной техники
Финансовый отдел
Юридическое бюро
Тюремный отдел
Шифровальный отдел (с 11.1.1950 г., 18.8.1950 г. переименован в Отдел «С»)
Плановый отдел
Спецотдел (с 21.4.1949 г. для руководства Государственным хранилищем ценностей – Гохраном)
Центральная бухгалтерия (с 28.7.1948 г.)
Центральное бюро по рационализации и изобретательству (с 26.1 .1 953 г.)
МИНИСТЕРСТВО ГОСУДАРСТВЕННОЙ БЕЗОПАСНОСТИ с конца 1946 г.
Министр
Органы при министре Секретариат
Секретариат ОСО при Министре Инспекция при Министре
Специальное бюро при Министре (аналитическое, с 22.8.1947 г.)
Управление делами